Skúsený kormidelník sa Portugalcov ujal v roku 2014 po Paulovi Bentovi. Napriek vypadnutiu vo štvrťfinále katarského šampionátu sa s reprezentáciou lúči v pozícii jediného trénera, ktorý ju doviedol k významnej trofeji.
Prvou bolo víťazné ťaženie na EURO 2016, keď Portugalsko zdolalo vo finále Francúzsko. O ďalšie tri roky ovládli gólom Guedesa súboj s Holandskom a stali sa premiérovým držiteľom Ligy národov UEFA.
Fernando Santos odstupuje z portugalskej lavičke päť dní po tom, čo s mužstvom nestačil vo štvrťfinále katarského šampionátu na Maroko (0:1). V kvalifikácii EURO 2024, v ktorej bude Portugalsko jedným zo súperov Slovenska, tak tím z Iberského polostrova povedie nový kouč.
Santos zaznamenal dokopy 109 zápasov a v nich 67 výhier, 23 remíz a 19 prehier. Počas jeho pôsobenia debutovalo v reprezentácii 59 futbalistov. Medzi nimi napríklad Bernardo Silva, Bruno Fernandes, Joao Félix či Diogo Jota.