Rodák zo Žiliny a odchovanec tamojšieho klubu opustil Slovensko v januári 2009 po tom, ako dve sezóny predtým vyhral so šošonmi ligový titul a aj pohár. Hosťoval aj v Dubnici. Po prestupe do nemeckého Wolfsburgu sa okamžite tešil z majstrovského primátu v Bundeslige. V drese tamojších vlkov strávil tri sezóny, jednu hosťoval v tureckom Kayserispore.
Od ročníka 2012/13 až do konca minulej sezóny bol členom Herthy Berlín, s ktorou zažil vzostupy aj pády. V ostatných dvoch ligových kolotočoch nastúpil iba na 10 stretnutí. Napriek tomu naďalej patril medzi stálice v zostave slovenského národného tímu, za ktorý absolvoval celkovo 132 zápasov. Vyšší počet nazbieral iba Marek Hamšík (138).
Spoločne s Jurajom Kuckom patrí Pekarík k dvom hráčom, ktorí si zahrali na všetkých štyroch veľkých turnajoch, na ktoré Slovensko postúpilo, teda MS 2010 a EURO 2016, 2020 aj 2024. Skúsený pravý obranca odohral v najvyššej slovenskej súťaži 138 zápasov a strelil päť gólov.
Po Tomášovi Hubočanovi prichádza pod Dubeň ďalší skúsenosťami ostrieľaný hráč, ktorý môže byť lákadlom pre divákov. "Je to obrovský impulz pre kabínu i fanúšikov. Po športovej aj ľudskej stránke príde do Žiliny veľká osobnosť. Veľmi sa tešíme na jeho príchod a veríme, že prínos, ktorý od toho očakávame, sa naplní. Svojím profesionalizmom a pracovitosťou určite dokáže ovplyvňovať všetkých ľudí v klube a strhne so sebou aj okolie. Dúfame v prospešnú misiu pre obe strany a želáme mu veľa zdravia i športových úspechov," uviedol pre klubový web športový manažér MŠK Karol Belaník.
"Zatiaľ je to zmluva do konca tohto kalendárneho roka, ako si želal Peky. Potrebuje sa zorientovať, zistiť, ako to funguje v tíme, aké sú ambície a aká bude aj jeho pozícia. V zime sa uvidí, čo ďalej," dodal Belaník.
"Rozhodujúcim faktorom príchodu do Žiliny bola srdečnosť všetkých zainteresovaných strán. Natiahlo sa to aj preto, že som čakal na vyjadrenie Herthy. Za 12 rokov som si tam vytvoril veľmi pevné vzťahy a boli by radi, keby som u nich ostal aj túto sezónu. Bol by som len alternatívou krajného beka, chcel som pravidelne hrávať a chcem ešte pomôcť reprezentácii, preto som sa rozhodol pre návrat do Žiliny," vravel Pekarík pre YouTube kanál klubu.
Aké sú pocity zodpovedného beka po príchode do MŠK? "Výborné, pretože sem sa vždy vraciam veľmi rád. Teším sa na zápasy na domácom štadióne, pamätám si, že vždy tu vládla výborná atmosféra. Verím, že to tak bude aj v tejto sezóne, ktorá je výborné rozbehnutá, veľmi si prajem aby bola pre žilinský futbal úspešná," neskrýval nadšenie.